Для ефективного функціонування економічного механізму інноваційних структур запропонована модель логістичної системи та алгоритм її функціонування, описана структура матеріальних потоків, їх рух та механізм управління ними. Це сприятиме аналізу, оцінці та прогнозуванню станів матеріальних потоків, підготовці та прийняттю рішень з станів вхідних і процесних ресурсних потоків, вихідних і ринкових продуктових потоків, у підготовці й прийнятті рішень з управління станами і ресурсних, і продуктових потоків.